Jag förstår inte riktigt ditt problem men om jag har lagt till mappar till interna eller externa diskar i Movie Folders i MP Config så hittar jag alla om jag går upp ett steg från startvyn och kan då navigera till filmer på andra diskar.
Men allra lättast är annars att hämta imdb info för alla filmer och välja en annan vy än att visa filer, t.ex. Genre vyn, då får du upp t.ex. en mapp med action och en annan med drama och så ligger alla filmer som är kategoriserade som action eller drama under respektive mapp.
Ett annat sätt är att använda ett plugin såsom Moving Pictures som håller koll de mappar som innehåller filmer och sedan radar upp dom i MediaPortal oberoende av var dom ligger (externt eller internt) och det sköter automatiskt (oftast) nerladdning av covers, fanart och imdb info.